Une fois l'ingénieur réseau connecté à un périphérique, il peut le configurer. Le technicien réseau doit parcourir plusieurs modes de l'IOS. Les modes de Cisco IOS sont assez similaires pour les commutateurs et les routeurs. L'interface en ligne de commande (CLI) est organisées selon une structure hiérarchique des modes.

En partant de la configuration la plus simple à la plus spécialisée, les modes principaux sont les suivants :

Chaque mode présente une invite distincte et permet d'effectuer des tâches particulières grâce à des commandes spécifiques disponibles uniquement dans ce mode. Par exemple, le mode de configuration globale permet à un technicien de configurer les paramètres du périphérique concernant le périphérique dans son ensemble, comme le nom du périphérique. Cependant, un autre mode doit être utilisé si le technicien réseau veut configurer les paramètres de sécurité sur un port spécifique d'un commutateur, par exemple. Dans ce cas, le technicien réseau doit en effet passer en mode de configuration d'interface pour ce port spécifique. Toutes les configurations entrées en mode de configuration d'interface ne s'appliquent qu'au port en question.

Il est possible de configurer la structure hiérarchique des modes à des fins de sécurité. Une authentification différente peut être requise pour chaque mode. Cela permet de contrôler les droits d'accès accordés au personnel réseau.

La figure montre la structure hiérarchique des modes IOS, ainsi que des invites et des fonctionnalités représentatives.