Le protocole de messagerie IMAP (Internet Message Access Protocol) décrit une autre méthode de récupération des messages électroniques. Toutefois, contrairement au protocole POP, lorsque l'utilisateur se connecte à un serveur IMAP, des copies des messages sont téléchargées vers l'application cliente. Les messages originaux sont conservés sur le serveur jusqu'à ce qu'ils soient supprimés manuellement. Les utilisateurs affichent des copies des messages dans leur logiciel de messagerie.

Ils peuvent créer une hiérarchie de fichiers sur le serveur afin d'organiser et de stocker leurs e-mails. Cette structure de fichiers est également dupliquée sur le client de messagerie. Lorsqu'un utilisateur décide de supprimer un message, le serveur synchronise cette action et supprime le message du serveur.

Pour les petites et moyennes entreprises, le protocole IMAP présente de nombreux avantages. Il permet un stockage à long terme des messages sur les serveurs de messagerie et une sauvegarde centralisée. Il permet également aux employés d'accéder aux messages depuis différents emplacements à l'aide de différents périphériques ou logiciels clients. La structure de dossiers de boîte aux lettres à laquelle est habitué l'utilisateur reste consultable quel que soit le moyen qu'il choisit pour consulter sa boîte aux lettres.

Pour un FAI, le protocole IMAP peut ne pas être le choix idéal. Il peut s'avérer coûteux à l'achat et en maintenance de l'espace disque nécessaire au stockage des messages électroniques. De plus, cette contrainte sur le FAI s'accentue si les clients paramètrent des sauvegardes régulières de leurs boîtes aux lettres.